妊娠合并生殖器疱疹的治疗方法一般有局部用药、全身用药等，具体内容如下：
1.通过局部用药可以保护疱疹的粘膜，使用生理盐水清洗阴道，使其干净、乾净。用甲紫溶液或阿昔洛韦乳膏或乳霜涂抹于病变部位，或使用酞丁安软膏。如果有明显的痛楚，可以在局部应用盐酸利多卡因软膏或口服镇痛药物，也可以将奥平的栓剂放入阴道。
2.全身用药一般建议口服阿昔韦，反复发作者应长期口服。怀孕期间要按照医生的指示服用。阿昔洛韦治出现任何其它不良反应，通常只是暂时降低嗜血因子引起的。
生殖器疱疹是性病，但是性交传播不是唯一途径，皮肤粘膜之间密切接触也可能相互传染。如果与皮肤发生溃烂的生殖器疱疹病人接触，都可能会被传染上生殖器疱疹。生殖器疱疹的传播方式是多样的，因此对于生殖器疱疹男性朋友一定要多多注意，做好预防生殖器疱疹的措施，避免性滥交，注意生活卫生，避免与生殖器疱疹病人有过密的接触。
生殖器疱疹是一种很常见的性传播疾病，它的治疗主要是进行抗病毒治疗，因为它是病毒感染的疾病，通过口服抗病毒的药物进行治疗，可以将疾病治好，不过这种疾病是短期好治，长期不容易，所以要早发现早治疗。
原发性生殖器疱疹的治疗主要采用抗病毒治疗，治疗的目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程及防止继发感染等，目前的治疗方法尚不能达到彻底清除病毒、消除复发的效果。可以使用一些药物。
一般的治疗方法，对于没有症状或者是亚临床的感染，无需药物治疗。有症状者治疗包括全身治疗和局部处理两个方面。全身治疗主要包括抗病毒治疗和治疗合并感染，选择局部的处理方法和全身治疗的方案。此外，由于生殖器疱疹尚无彻底的办法，这常给病人带来很大的心理压力。因此，针对实际情况，同时给予医学的咨询和心理咨询，以减轻精神负担。
生殖器疱疹的原因很多，一般是由于单纯疱疹病毒引起的泌尿生殖器感染及肛周皮肤黏膜溃疡，有的是由于不洁性行为导致的，接触了病毒感染的内衣裤，导致间接感染，也可能是共用护用品导致。