人乳头瘤病毒的治疗方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
1、物理治疗：有电灼，利普刀切除术、冷冻治疗、微波治疗等。
2、药物治疗：常用的药物为咪喹莫特乳膏治疗，适用于局部肿瘤的消除和局部病灶的清除。此外还可以使用免疫抑制剂，通过白介素类药物，增强病人的自身免疫功能，排除阳性体征。
干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
人乳头瘤病毒感染根据分型，治疗方式存在差异。
例如人乳头瘤病毒感染低危型，在不引起宫颈病变的情况下，病毒可由本身抵抗力清除。人乳头瘤病毒并不引起宫颈病变，属慢性宫颈炎之类可应用促病毒消失药物，如干扰素、生物蛋白敷料，及保妇康栓之类的药物，以有助于人乳头瘤病毒的去除。高危的情况下，可能需要手术进行治疗。
一般“人乳头瘤病毒什么药治最好”的说法不合理，患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗。
人乳头瘤病毒可以通过外用药来进行局部用药，例如五氟尿嘧啶软膏，以及口服干扰素等全身免疫调节剂。人类表皮细胞是HPV感染的唯一的寄生因子，它可以透过受损的皮肤侵入到表皮，并在表皮上繁殖，造成表皮上皮细胞增生，从而造成疣样病变。同时也可以进行激光、冷冻等局部外科治疗，或者是外敷药物。
物理治疗：包括电灼、利普刀切除术、冷冻治疗、微波治疗等。可应用抗HPV生物蛋白敷料，其转阴率较高；还可应用免疫抑制剂，通过白介素类药物，提高患者自身免疫功能，消除阳性体征。
得了人乳头瘤病毒一般可以吃利巴韦林、伐昔洛韦、干扰素等药物。
人乳头瘤病毒是一种环状双链DNA病毒，可能会引起寻常疣、扁平疣、尖锐湿疣等。如果感染了人乳头瘤病毒，患者可以遵医嘱吃利巴韦林、伐昔洛韦、干扰素等药物，使病毒复制、繁殖受到抑制。
治疗期间注意休息，避免性生活。