龟头炎多采用药物治疗，包括口服和外用抗菌药，如果病人合并包皮过长或包茎可以切除包皮。此外，病人应养成良好的卫生习惯，及时清洗包皮。如果是因为不洁性行为造成的龟头炎，应杜绝。
霉菌龟头炎选择合适的药物进行有效的治疗，这也是前列腺结石的治疗方法之一。最常用的方法是经尿道切除前列腺及结石。多用于年龄较轻的病人，可避免造成性功能障碍，也可用于年老体弱者，以减少对身体的打击。
霉菌性龟头炎是用生理盐水清洗阴茎，在用抗菌软膏涂抹局部，必要时口服抑制霉菌药物。另外治疗期间不能同房，不要吃刺激辛辣的食物。需要注意个人以及性生活卫生，勤换内裤。
手术治疗大约需要1个月，非手术治疗半个月左右到20天左右，主要的原因是包皮过长和包茎，诱因主要是最近病人可能生活工作压力大，过度的劳累、进食刺激性食物和饮酒、吸烟过多导致的免疫力低下，也可以通过性接触而诱发。
龟头炎治疗和预防注意局部卫生，每日清洗龟头和包皮，如包皮过长要及时治疗，必要时作包皮环切术，及时清洁包皮垢很有必要。避免细菌感染，及时治疗，如患有滴虫性或白色念珠菌容易导致包皮龟头炎，影响男性健康。对于急性包皮龟头炎要避免使用药类，以免引起更加严重的感染。
