传染性软疣的治疗方法主要有物理治疗和药物治疗两种。
1.物理治疗：传染性软疣可以通过消毒，用钳子、挂疣的器具夹出软疣内的内容物，然后用碘伏消毒，或者压迫出血。单独的疣体，经过消毒处理，可以完全消除症状，定期复查。这是一种具有一定传染性的疾病，在治愈之前不要与他人接触。
2.药物治疗：西多福韦软膏可以涂于患处，但并非所有人都可以使用，应根据专业医师的处方使用。酞丁安软膏对传染性软疣有一定的治疗作用，但也有少部分患者会出现皮肤丘疹、皮肤红斑、皮肤刺痒等不良反应。
传染性软疣要及时治疗，在治疗过程中要对各种衣物器具进行消毒，避免与他人接触造成传播感染。
患有传染性软疣，患者可以通过物理治疗、手术治疗等方式进行医治。
1、物理治疗：患者可以采用液氮冷冻、激光治疗等物理手段进行治疗，能够利用液氮的低温或者激光的光热作用使疣体坏死。
2、手术治疗：患者也可以通过刮除术、夹除术等手术措施来清除疣体，从而达到治疗的目的。
患者平时应该避免抓挠患处，坚持运动，有助于增强体质。
传染性软疣是病毒感染造成的，是没有自己好的可能性的，也就说是不能自己好的，是需要处理和医治的。传染性软疣具有自体传染性，也就是说如果不处理是会越来越多的。因此应尽快医治，医治传染性软疣的过程中，也要注意不要吃太多辛辣的食物，很容易加重炎症不利于康复。同时也要注意避免跟家里人太多的接触，特别是内衣裤不要一起洗，很容易交叉感染上疾病的。
首先如果是数量比较少，患者的抵抗力比较强的话，可以观察，可能在数月之后皮疹会消退。这样的患者是不需要治疗的。但是大部分人或者说是患儿来说，不治疗在数月之后会逐渐增加甚至增大，伴有瘙痒的特点，像这种有逐渐增多倾向的患者，还是需要及早进行治疗，以防传染给他人或者因自身接种而使病情加重。
严重影响了生育问题。传染婴儿、影响生育质量。患生殖道疣的孕妇，在分娩时，通过产道的婴儿可能被传染，引起婴幼儿的呼吸道疣。本病如不及时治疗，可危害个人、危害家庭、危害后代、危害社会。传染性软疣是可传染给家人的。传染性软疣不但能通过性接触传播，而且其家人或朋友，能通过污染了病毒的浴巾、浴盆、内裤等间接接触传染。
传染性软疣是可根治的。
传染性软疣的治疗方法有手术，激光，冷冻，电灼等、药物和其他途径可根治，提示患者应根据实际情况选择特定治疗方案。部分患者甚至可以自愈，通常在半年至九个月后可自行消退，还有坚持3~4年的。它是由自身抗体的生成来决定的，和自身抗体出现的迟早，抗体生成越早，皮损消退越早。