阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
性功能低下或性功能丧失，若己结婚则多不能完成性生活。第二性症发育不良，无胡须、腋毛和阴毛，而且还不同程度地显出皮肤细嫩、音调尖亢、无喉结等女性的特征。体型改变，肥胖、乳房发育，臀部增大，身材矮小等。
男人的阴茎的长短与种族、家族、遗传、以及青春期营养状况、地域、个体差异等有关。一般来讲，阴茎主要在青春期发育，过了青春期基本不再生长。如果要想增长，只有靠手术来延长或植入假体，药物或其他方法延长的可能性不大。所以阴茎短小患者在饮食上并没有特别的注意，平时注意避免辛辣刺激。
成人的生殖器勃起是在8到10厘米是一个正常的范围，如果明显过于短小容易影响到性生活质量。到专业的泌尿外科和男科，检查激素水平或阴茎海绵体血流多普勒，这样才能通过数据来选择药物干预和物理治疗，达到一个正常的发育状态。