阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
男人阴茎短会导致男性不育，下丘脑分泌的黄体生成素释放激素减少。阴茎短小者影响正常夫妻生活、丧失正常生育能力。茎过于短小，这样就会在心理上造成自卑和压抑感。
疾病因素：近些年来，由于饮食或不良习惯等原因，使得男性隐私部位患病的几率在不断增加，如隐睾、睾丸炎等，一来会使局部组织出现水肿的情况，二来可能会影响到血管的正常血供，三来会导致阴茎短小，严重的甚至会使生精组织出现坏死的情况，对之后的生育造成一定的影响。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
阴茎短小是男科常见的一种疾病，大多是由家族遗传、先天发育、长期频繁的手淫、包皮过长或包茎等多种原因导致，会影响性生活。保持阴部清洁卫生，多吃含锌的食物，积极治疗包皮过长和包茎，有效避免阴茎短小的发生。