龟头流脓刺痛可能和泌尿系感染或淋病有关。建议做尿常规和分泌物的检查确诊，查明原因及时治疗，建议注意局部的清洁卫生。另外应多饮水，泌尿系B超，必要时还需要检查前列腺液常规，以及尿培养，前列腺液培养，肾功能等检查项目，明确原因后才能做进一步治疗的，祝早日康复。
一般情况下，龟头刺痛、流脓通常不能自治，需要去医院采用以下方式进行治疗：
淋球菌的常见表现就是龟头刺痛、流脓。如果是这样的话，患者需要去正规的医院做进一步的检查，确定病因，再采取相应的治疗方法。淋球菌是一种性病，也叫淋病。治疗时可以服用双氯芬酸钠、布洛芬等止痛药进行治疗，具有解痉止痛、对症治疗的作用。还可以口服莫西沙星、左氧氟沙星、喹诺酮等抗生素进行治疗。
龟头刺痛流脓可能是泌尿系感染，可以检查尿常规和尿道分泌物确诊，并不会很严重。注意饮食，禁忌辛辣刺激，多喝水，注意个人卫生，可以服用消炎类的药物和利尿通淋的中成药来进行治疗。
主要考虑为泌尿系统感染。男性泌尿系统感染是由于细菌感染引起，可以出现尿道口红肿、刺痛灼热、有脓性或粘液性分泌物溢出；有不同程度的尿频、尿急、尿痛等症状。因该是患有急性泌尿系统感染引起的症状，可以多喝水，保持多尿量，口服消炎药物治疗看看。
龟头出现流脓、刺痛考虑患有感染性疾病，应该到医院进一步检查明确具体感染原因后，使用对症药物处理缓解疼痛。发生不洁性接触，感染淋病以后会出现流脓伴有刺痛，应该留取脓液作细菌涂片检查，如发现革兰氏(-)双球菌则可以确诊为淋。使用药物稀释进行局部清洗。
龟头流脓刺痛睾丸疼痛，考虑是化脓性包皮龟头炎，一般为细菌感染所引起，或是淋球菌性尿道炎，淋球菌性感染后可出现尿频、尿急、排尿疼痛，伴尿道外口流出黄色的脓性分泌物，可污染龟头，局部形成小的溃烂，也可伴少量的分泌物。