治疗方法是使用干扰药素治疗方案来进行抗病毒治疗，干扰药素抗病毒治疗，不仅有抗病毒的作用，还可以调节自身的免疫力，提高身体监控肿瘤的能力，抗肝纤维化的能力，并且干扰药素治疗的疗程是有限的，大概平均疗程在一年左右，不需要长期用药，即使干扰药素治疗停止以后仍然有一些后续的免疫调控作用，可以持久的抑制病毒。
转氨酶升高是乙肝大三阳抗病毒治疗的最佳时期，转氨酶升高提示肝细胞出现炎症性损伤，但也表明机体免疫系统，已从消极防御转为积极主动，恰好是抗病毒治疗的好时机，通过免疫调节产生大量内源性细胞因子，再配合抗病毒药物能起到事半功倍的效果，这种多途径、多位点、清除加抑制达到临床上的高疗效与低复发。
治疗过程中，调摄情绪放松生活，忌食辛辣油腻食物，屏蔽饮酒，饮食上以清淡、易消化的食物为主，多吃水果蔬菜，保证食物的新鲜、营养。对乙型肝炎的康复是很有益处的。发病原因与输血输液把关不严，把含有乙肝病毒的液体，血液，输入身体有关系，与不洁性接触、性传播有关系，与母婴胎内血液传染有关系，当身体免疫功能低下过程中--出现乙肝病毒大量、长时间复制，久而久之，肝脏弥漫性损伤。
整体治疗。包括高蛋白饮食：多吃一些鸡蛋、牛奶、瘦肉、鱼、鸡、海鲜、豆腐、豆制品、新鲜蔬菜、水果等；适当休息，勿过累；忌酒；保持精神愉快。用药以退黄、降酶、保肝、抗病毒、提高机体免疫力为总则。
乙肝大三阳可以用一些保肝的药物，但是药物不要过多，过多的药物，中药或西药都可能反而会造成肝脏损害。因为任何药物都要通过肝脏代谢。都会或多或少加重肝脏损害。肝功能正常就不需要特别治疗，肝功正常才是目的。
目前乙肝大三阳没有完全医好的方法，主要以维持稳定为主，如果乙肝病毒定量或肝功能都正常，可以不用处理，注意定期复查为主。如果出现异常，要服用护肝或抗病毒的药物，平时尽量避免熬夜。