治疗方法是使用干扰药素治疗方案来进行抗病毒治疗，干扰药素抗病毒治疗，不仅有抗病毒的作用，还可以调节自身的免疫力，提高身体监控肿瘤的能力，抗肝纤维化的能力，并且干扰药素治疗的疗程是有限的，大概平均疗程在一年左右，不需要长期用药，即使干扰药素治疗停止以后仍然有一些后续的免疫调控作用，可以持久的抑制病毒。
乙肝大三阳可以用一些保肝的药物，但是药物不要过多，过多的药物，中药或西药都可能反而会造成肝脏损害。因为任何药物都要通过肝脏代谢。都会或多或少加重肝脏损害。肝功能正常就不需要特别治疗，肝功正常才是目的。
治疗过程中，调摄情绪放松生活，忌食辛辣油腻食物，屏蔽饮酒，饮食上以清淡、易消化的食物为主，多吃水果蔬菜，保证食物的新鲜、营养。对乙型肝炎的康复是很有益处的。发病原因与输血输液把关不严，把含有乙肝病毒的液体，血液，输入身体有关系，与不洁性接触、性传播有关系，与母婴胎内血液传染有关系，当身体免疫功能低下过程中--出现乙肝病毒大量、长时间复制，久而久之，肝脏弥漫性损伤。
整体治疗。包括高蛋白饮食：多吃一些鸡蛋、牛奶、瘦肉、鱼、鸡、海鲜、豆腐、豆制品、新鲜蔬菜、水果等；适当休息，勿过累；忌酒；保持精神愉快。用药以退黄、降酶、保肝、抗病毒、提高机体免疫力为总则。
目前还没有治疗乙肝大三阳的特效药，儿童患有这种疾病和大人是一样的，都要积极保肝、降酶、抗病毒治疗，如果肝功正常了就可以不吃药了，如果肝功不正常，去医院治疗。平时要注意多休息，不要太过劳累，可以多吃一些蔬菜和水果。
乙肝大三阳可以治疗，但不能说完全健康，因为乙肝疾病是没有办法完全清除体外的乙肝大三阳，一般代表的就是病毒数量在明显的复制，过度的升高，所以选择一些抗病毒的药物来控制调节是临床比较常见的。