输尿管软镜容易出现感染甚至感染性休克，手术后需要严密观察生命体征情况，如果出现心率快血压低、寒颤等情况，需要及时告知。输尿管软镜术后第二天可以下床活动，进食软食，多喝水。不能活动过多，容易引起腰痛。术后需要复查结石情况，术后一月拔出输尿管支架管。
通过尿道插入输尿管软镜进入膀胱，在膀胱中通过患侧输尿管膀胱开口部位，插入软镜到结石肾一侧的输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，使用钬激光对肾盂中的结石进行碎石，冲洗出粉碎的结石后退镜。
首先进行麻醉，其次，麻醉以后经尿道插入输尿管硬镜，然后在输尿管内放入一根导丝，顺着导丝放入输尿管外鞘。再将输尿管软镜放入外鞘内进行检查，找到结石，并用激光将结石击碎。
输尿管镜碎石术，是利用一条直径3mm左右的细镜，经过尿道、膀胱插入输尿管，将输尿管结石或肾脏结石击碎取出。利用人体天然的泌尿系统腔道，不在身体上做任何切口，是一种纯粹的泌尿外科腔镜微创手术。
可能会导致尿路感染发烧，取石的效率不高，可能需要多次的手术，有可能会导致肾周感染，肾脏包膜下血肿等。如果肾脏结石小于2到3厘米，是可以选择做输尿管软镜取石术，如果肾结石更大，大于三厘米，可以选择其他的手术方式。
纤维输尿管镜碎石手术流程，由于纤维输尿管镜比正常输尿管略粗，因此需要在碎石手术前要做好输尿管扩张的预处理，以便术中内镜能很顺畅的到达肾脏内，避免损伤输尿管出现严重的并发症。