病情严重的小三阳，治疗时首先要服用保肝药物；其次，做好基本治疗，如注意休息、清淡饮食；再就是要针对病因进行治疗；小三阳的病情相对稳定，不发展到肝硬化或肝肿瘤者，只需定期检查，长期观察。
小三阳首先应检测肝功能，化验血中HBV-DNA含量及前C基因变异情况，并通过必要的肝活检来正确分析这种“小三阳”是否需要采取治疗措施。一般而言，如果肝功能正常，HBV-DNA阴性，不需要治疗，半年定期复查。如果肝功能异常，HBV-DNA阳性，则需要治疗。
小三阳可以治疗好，乙肝小三阳是由乙肝病毒感染后引起的一种肝脏的慢性病变。乙肝三系统化验表现为乙肝表面抗原阳性，e抗体阳性，核心抗体阳性。乙肝病毒一旦感染以后，一般很难通过药物将乙肝病毒彻底清除体外，也就是说通过药物治疗，彻底转阴的可能性很小。
乙肝有癌变的几率，但只要肝功能正常就不会癌变，乙肝小三阳指的是表面抗原阳性，e抗体阳性，核心抗体阳性，乙肝小三阳，如果病情得不到较好的控制，会逐渐的出现病情进展，肝炎，肝硬化，甚至发生癌变，形成肝癌。
多吃含维生素丰富食物，多吃水果蔬菜，因为维生素具有保肝护肝的作用。乙肝小三阳，乙肝病毒在体内仍然有一定传染性，如果不及时治疗，长期肝脏纤维化有导致肝硬化的几率，出现症状，保持规律生活习惯，避免劳累，可以多吃含维生素丰富一类的保健品改善。