多囊卵巢和卵巢囊肿相比，多囊卵巢更为严重。是因为多囊卵巢属于内分泌疾病，常常是由于遗传因素和环境因素相互作用导致的，由于卵泡不能正常生长发育和排出，因此就会导致女性出现月经失调、面部痤疮，甚至肥胖等其他并发症，还可能影响女性的生育功能。卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也可能是普通的卵巢囊肿，或者是子宫内膜异位症导致的卵巢巧克力囊肿这些疾病通过手术治疗以后往往都可以治愈，而且不容易影响女性正常受孕。
卵巢囊肿是一种良性妇科肿瘤，分为生理型和病理型。
囊肿的常见原因是内分泌失调或长期炎症刺激。如果是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症或炎症刺激引起的。如果是恶性卵巢囊肿，可能是病毒感染引起的。
大多数生理性卵巢囊肿是由内分泌失调或卵泡未破裂引起的黄体囊肿等疾病引起的。病理性卵巢囊肿可分为普通卵巢囊肿和巧克力囊肿。
引起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%有家族史；内分泌因素，临床上很多基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果；此外还有生活方式因素以及环境因素。
卵巢肿瘤是由原体腔上皮细胞发育而成的，它具有向不同类型的苗勒上皮细胞分化的潜力。在输卵管上皮细胞中分化为浆液性肿瘤，在宫颈粘膜上分化为粘液性肿瘤，并在子宫内分化为内膜样肿瘤。卵巢上皮肿瘤有良性、交界、恶性三种类型。交界性肿瘤是一种低水平的恶性潜伏性肿瘤，其上皮细胞增殖、细胞分层增多、核异型和核分裂象增多，且多为间质浸润。
生理性的卵巢囊肿多是因为内分泌失调引起的黄体囊肿或是卵泡不破裂等疾病引起的。病理性的卵巢囊肿可以分为普通的卵巢囊肿以及巧克力囊肿，囊肿原因有内分泌失调或者是长期炎症刺激，如果是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症或者是炎症刺激引起的。
多囊卵巢的病人出现排卵功能障碍，但是也有多囊卵巢的病人会出现稀发排卵，所以如果在排卵期的时候，有性生活就可能会怀孕。如果多囊卵巢的病人怀孕是一件好事，跟其他孕妇一样一定要注意休息，加强营养，怀孕前3个月不可以有性生活，并且抽血检查血hCg和孕酮的情况在停经50天左右，建议做B超检查，确定宫内怀孕，并且根据B超检查结果来判断怀孕的天数跟停经天数是否相符，以便计算预产期。