牙齿矫正的过程中有各种副作用，对口腔卫生不好，牙齿上面粘的托槽周围容易引起牙菌斑滞留，时间久了容易引起牙龈炎。需要好好刷牙，控制牙菌斑。金属托槽也容易会导致口腔粘膜的创伤性溃疡，应该注意必要时使用正畸蜡保护。牙齿矫正的过程中，为了使牙齿移动，在牙齿上面施加外力，如果力量过大会引起牙根的内外吸收。
牙齿矫正没有什么危害，只是有部分并发症，初期或导致不适。牙根会变短，因为正畸时在牙齿移动的过程中，有些破骨细胞要把牙槽骨杀伤，可能在杀伤牙槽骨时，并不知道杀伤的是牙槽骨或者是牙根。如果矫治力量大或者患者是易感体质，可能有些患者在矫正后牙根会变短，牙齿可能就不是特别牢固；在矫正过程中，很多患者，本身的卫生习惯不太好，刷牙时间太短、不认真，在牙齿上残留很多的食物残渣。当食物残渣发酵后，产酸，对牙齿产生龋坏作用，特别在牙齿表面，很多时候矫正结束以后发现牙体表面已经变黄，有的还变坑。患有牙周炎、根尖炎的患者需先进行治疗，再进行矫正。同时如禁止吸烟、过量饮酒等。女性应尽量避开月经期、哺乳期、妊娠期。治疗期间应清淡饮食，避免进食辛辣刺激、糖类、油腻及海鲜等腥发性食物。要保持积极的心态，正确地对待治疗。并且做好口腔清洁，注意口腔卫生，做牙齿矫正前最好进行一次洗牙。
在治疗的过程中，因为牙齿会受力，所以有些牙齿会受到影响，影响牙根吸收。成年的女性患者当中可能会出现牙龈萎缩导致的黑三角，甚至极个别的患者会引起关节酸痛，或者肌肉退化。因为在矫治的过程中，医生常会建议不吃硬的东西，或者是有的患者根本就是害怕吃硬的东西会损坏矫治器，所以干脆就改变了自己的饮食习惯，这时对患者的面型会有小小的改变。建议：在做矫正的时候需要医生进行详细的评估，才能决定是否适合做矫正。
牙齿矫正会出现酸痛、肿胀、出血或者是不适的现象，这种现象是因为牙髓受到了伤害而导致的，可能会导致牙齿出现损伤，明显的松动现象，感染、牙周炎、牙龈萎缩、牙根暴露等现象。卫生习惯不好，饭后不刷牙，牙齿上残留了食物残渣发酵后产生的酸，会对牙齿产生副作用，使牙齿变黄或者是有坑洼现象。
牙齿矫正可以美观牙齿，改善牙齿参差不齐的问题，但是如果医生的操作不够规范，或者病人没有做好牙齿矫正后的护理，就会产生牙齿矫正的危害。比如牙齿变松动，对牙槽骨高度的影响。做过正畸治疗的人，牙槽骨高度都会有少量的降低。