治疗口腔溃疡主要是使用促进愈合的药物，并且防止继发感染。可以使用消炎药物涂抹于溃疡病损区。并且还要注意提高自身的免疫力，提高抗病毒感染的能力。这样能使患处尽快的恢复。
临床所见口腔溃疡大多为复发性口腔溃疡，因为局部疼痛，影响饮食、语言等会给生活带来很大的困扰，所以有口腔溃疡后应该及时治疗，减轻症状。其治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。
虽然以口舌生疮的方式表现，但病因很多，在十四五天的样子左右会自我愈合，所以很多情况下不需要治疗，但是对于有些病者症状很疼痛，所以需要进行对症治疗。使用局部的漱口水，可以很好的缓解症状。良好的生活方式，多吃蔬菜、水果，保证睡眠时间需要充足，减少不佳日常生活与作息习惯。
口腔溃疡可以饮食清淡易消化一些多喝水，口服一段时间维生素改善症状。口腔溃疡是口腔科常见的黏膜性疾病，可反复发作。口腔溃疡与自身免疫状况、周围环境、水土情况及自身遗传因素有关。
多采用局部治疗，同时结合全身的治疗，延长间歇期，缩短发作期，缓解疼痛。局部治疗以消炎止痛为主，促进愈合防止继发感染。局部可以使用消炎类药物进行治疗。对于经久不愈或者严重疼痛的溃疡，也可以进行粘膜下封闭注射。