口腔溃疡根据病因不同，治疗方案也不同。如果溃疡由创伤引发，可通过去除刺激因素，同时促进溃疡愈合进行治疗。如果是复发性阿弗他溃疡，治疗方案比较复杂。常见药物为免疫抑制剂或漱口水等，病人可口服或外用。需要注意，复发性阿弗他溃疡，服用抗生素治疗无效，所以病人要在医师指导下服用药物，切忌自行服药。
醋对口腔溃疡是没有用的，而且喝醋对粘膜是一种刺激，这种刺激对口腔溃疡是明显的严重损伤，口腔溃疡是口腔粘膜的炎症性疾病，口腔粘膜上皮损伤作为主要表现形式，治疗需要保护伤口，防止继发细菌或病毒感染。
口腔溃疡尽量不食用西瓜，西瓜水分较大，富含维生素很多，但是会使口腔溃疡病情加重。在溃疡发作的时候不能吃刺激性的东西，因为局部会有炎症的存在，而且刺激性的东西可能会加重溃疡的疼痛。
可以去内科进一步检查平时要注意保持口腔卫生，早晚刷牙，饭后用淡盐水漱口，平时要均衡饮食，合理搭配，补充多种微量元素，少吃辛辣生冷油腻刺激性的食物，多吃新鲜蔬菜水果。
口腔溃疡在综合性医院应就诊于口腔科，在口腔专科医院应就诊于口腔黏膜科，口腔黏膜科除了可以诊治口腔溃疡外，还可以诊治扁平苔藓、白斑、红斑、黏膜下纤维化、盘状红斑狼疮等疾病。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素。进行适当的体育锻炼，保持愉悦心情。口腔溃疡的局部保持清洁。