婴儿摇头的原因是多种多样的，首先可能跟孩子的大脑前庭发育有关系，对于身体的控制不完善，就容易出现摇头晃脑的表现，但都是暂时性的。或者宝宝存在中耳炎的表现，耳朵疼痛，但是又不懂得如何表达，也会出现摇头的症状。如果宝宝的湿疹比较严重，出现瘙痒的时候，也会用摇头来表达自己的不适。这几个原因当中，中耳炎是最主要的，一旦发现一定要积极治疗。
通常来说，婴儿老是摇头可能是多种原因导致的，具体分析如下：
首先，可能是由于维生素D不足引起的。维生素D缺乏性佝偻病是婴幼儿常见的疾病，主要是因为缺少阳光，长时间的拉肚子，以及营养不良。初期的症状主要有夜间盗汗、夜惊、烦躁、摇头等，多见于6个月以内的婴幼儿。如果不及时治疗，可能会发展为方颅畸形、手镯足镯畸形等。
如果是刚出生的宝宝，神经系统发育不完善，可能会出现无意识的摇头随着宝宝年龄增大，发育完善会好转。如果宝宝睡觉的时候总是摇头，同时伴随头部出汗多，可能是宝宝有缺钙的表现，头皮痒，宝宝会通过摇头的方式来缓解头部瘙痒，长时间会形成枕秃，需要给宝宝进行补钙补充维生素d治疗。
是有些缺钙，可以给宝宝补充钙，平时多晒太阳也有助于促进钙吸收，一般问题不大的，不要过于担心。是你家宝宝比较活跃.再就是快睡觉的时候有时会这样的，注意观察吧。建议转移注意力，就可以改善。
一般情况下，三个月宝宝老是摇头可能是佝偻病、湿疹等原因引起的。
通常，三个月宝宝的新陈代谢比较旺盛，容易出汗，宝宝感觉不适后，就会出现老是摇头的情况。如果三个月宝宝患有佝偻病，早期会出较多的汗，宝宝觉得痒，也会出现老是摇头的情况；同时，如果宝宝头部比较湿润，接触刺激性的物质后，就可能引起湿疹，从而引起瘙痒，出现老是摇头的情况。因此，建议家长不要着急，及时到医院就诊，在平时可以给三个月宝宝适当地补充维生素D和钙剂，从而减少宝宝老是摇头的情况；注意平时不要捂宝宝，出现湿疹时在医生的指导下使用外用药膏进行治疗。
三个月宝宝睡觉老是摇头可能是缺钙、窒息缺氧病史等原因导致的。
1.缺钙：如果家长没有及时给三个月宝宝补充维生素D，可能会影响钙的吸收，容易导致缺钙，可能会引起神经兴奋性增高，导致睡眠不安，从而出现睡觉老是摇头的症状。
2.窒息缺氧病史：如果三个月宝宝出生的时候有窒息缺氧病，可能会影响正常的脑部功能，容易影响睡眠状态，从而出现睡觉老是摇头的症状。