肠套叠的病因尚不明确，可能有以下几方面:
第一，饮食改变，出生后4-10个月会添加辅食，增加乳量，肠道疾病高发，婴儿肠道无法适应添加食物的刺激，肠道功能紊乱导致肠套叠。
第二，回盲部解剖因素，婴儿回盲部游离性大，回盲瓣肥厚，小肠系膜较长，婴儿回肠、盲肠直径较大，会有丰富的淋巴结组织，因炎症和食物刺激导致充血、水肿、肥厚，肠蠕动将回盲瓣向前推，牵拉肠管。
第三，感染病毒，肠道叠与肠道内腺病毒、轮状病毒可能有关。
第四，肠痉挛，自主神经失调，因食物、腹泻、炎症、细菌、寄生虫、毒素刺激肠道，肠蠕动功能节律紊乱，逆蠕动。
第五，遗传因素。
小孩肠套叠考虑是胃肠道感染引起的。
小儿肠套叠是由胃肠道感染引起的，在此过程中会出现肠系膜淋巴结肿大，导致肠管不能正常蠕动，进而引起肠套叠。小儿肠套叠可以通过空气灌肠、钡剂灌肠等方式进行复位，但如果出现肠坏死，则应该是禁止灌肠。如果肠套叠不能通过气、钡灌肠复位，且有肠坏死的嫌疑，可以考虑外科手术。小儿肠套叠很可能会复发，所以要养成良好的饮食和生活习惯，尽量不要吃得太饱，不要暴饮暴食，以免出现腹泻。
肠套叠是指上肠道蠕动过快，而下肠道还没有蠕动，上肠道会嵌套到下肠道中，形成肠道嵌套的情况。婴儿肠系膜发育并不完美。肠套叠通常发生在7至8个月大的严重腹泻儿童中。肠套叠发生在成人身上。肠套叠复位后，医院将首先会对病人进行结肠镜检查，以消除占位性病变。
肠套叠是指一段肠管套入与其相连的肠腔内，并导致肠内容物通过障碍。肠套叠占肠梗阻的15%～20%。有原发性和继发性两类。原发性肠套叠多发生于婴幼儿，继发性肠套叠则多见于成人。绝大数肠套叠是近端肠管向远端肠管内套入，逆性套叠较罕见，不及总例数的10%。成人肠套叠多表现为慢性反复发作。83%～90%的病例具有导致肠套叠发生的器质性病变。必要的时候应用一些抗炎的药物，严重情况下还需要手术治疗。
4-10个月饮食在发生改变，这时正是添加辅食的时候，外来食物可能会引起小孩过敏或者引起肠道紊乱，病毒感染也会影响肠道紊乱，使肠道亢进，本身回盲部结构异常，其回盲部的比例比成年人大，如果回盲部结构异常容易引起肠套叠。
引起小儿肠套叠的原因很多，如病毒性疾病、轮状病毒腹泻、上呼吸道感染等。病理性的如小肠的梅克尔憩室、小肠息肉、小肠重复畸形等。病理性肠套叠的保守治疗效果欠佳，最终都需手术切除。