矮小症的病因有很多，有些人天生就会矮，比如生长因子不足，或者是遗传性的代谢障碍，比如软骨发育不良，年龄太小，或者是早产儿，或者是足月婴儿之类的。
另外一些是由于后天的原因导致的，例如：营养不足，精神方面的问题，要进行进一步的检查，身高可能是基因决定的。此类患者并不是从出生就小。建议患者及时前往正规医院，查明矮小症的具体情况后，尽快处理。
矮小症的原因很多，多数情况身材比例都是均匀的，如果孩子有头大身小要进一步的进行病因的检查，可能会存在脑积水，先天遗传，代谢性疾病等等的情况。所谓矮小症是指孩子周岁的身高低于同年龄、同性别两个标准差以上或者第三百分位以下叫做矮小。营养不良，甲状腺功能减低，生长激素缺乏，先天性软骨发育不良，特纳综合征都可以导致身材矮小，因此要定期的监测身高，积极筛查矮小的原因，给予尽早治疗。
身高多少算矮小症需要根据具体情况进行判断。
如果是同一族群，同一性别，同一年龄段的病人，如果其身高在两个标准差之下，则属于矮小病。此外，儿童的生长速率也可以用来衡量矮小症，3周岁以内的婴儿生长速率低于7cm；在3岁至青少年之前，生长速率在3~5cm/年以内；青少年的生长速率低于5-6cm等情况都属于身高的生长比较迟缓，可能是矮小症的表现。
一般情况下，矮小症有具体的量化标准。
1、8周岁男孩与女孩平均身高为129cm，若低两个标准差，即比129cm低11cm左右。
2、10周岁男童和女童标准身高为140cm，矮小症患儿低于此标准11cm。
3、12周岁男孩和女孩身高为152cm左右，矮小症患者低于此标准10cm左右，即142cm左右。
矮小症最高身高并不能明确，但是矮小症患者会较同龄人的标准身高还矮，所以可以根据年龄和性别的标准身高相差两个标准差来判断儿童是否患有矮小症。测量时要用标准的身高曲线来测量。
如果是矮小症，需要进行系统的矮小筛查，找出病因，如果是矮小或者是正常的，就需要考虑营养问题，同时还要做一些微量元素、维生素D等的检查。