腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
不想手术消除腘窝囊肿就必须多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。但如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，还是需要进行手术切除的。
腘窝囊肿要看骨科或是关节外科，也可以看普通外科。具体可以到医院咨询导医台。腘窝囊肿是指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后突入致腘窝，使腘窝局部突出肿大的一种疾病。起初多无明显症状，随着肿块增大，可有膝关节后侧肿痛或膝关节屈伸不便等症状。
腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
一般需要住院3天-5天可以出院，十天后可以拆线。术后早期住院观察治疗，避免继发性细菌感染，给机体带来不适反应现象。注意休息避免劳累，固定患部减少活动，加强营养增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查处理及康复锻炼身体，早期恢复健康。
腘窝囊肿属于良性的包块，如果只是单纯的包块，没有压迫血管神经引起肢体麻木，疼痛或者缺血表现，可以观察。但是如果伴随明显的神经血管压迫，需要考虑手术治疗。腘窝囊肿可以通过彩超，磁共振检查判断囊肿的大小和范围。而且需要和其他的包块比如脂肪瘤，血管瘤等鉴别，术后可以常规的病理检查判断包块性质。腘窝囊肿术后也存在复发的可能性。