矮小症可通过应用生长素、积极锻炼、进行心理调节等进行治疗。
由于长期腹泻或营养不良所致的矮小症，需通过改变饮食来增强患者身体营养，并通过治疗腹泻来缓解矮小症。生长激素缺乏症患者可采用生长激素针治疗，普通矮小症需要1-2年左右才能达到理想的治疗效果。可根据自身情况选择生长激素注射剂量。孩子出现矮小症后，不仅要补充营养，还要注意锻炼，要加强运动，尤其是弹跳运动，并保证孩子充足的睡眠。同时孩子身材矮小会导致自卑、抑郁等，家长可通过心理辅导，与孩子进行沟通，如培养兴趣爱好，增强自信，逐渐改善孩子抑郁等心理问题。
对于生长激素缺乏，特发性矮小，先天性卵巢发育不良综合症，足月小样儿导致生长发育迟缓，以及具有其他生长激素治疗指征的患者，通过生长激素的治疗。
生长激素治疗具有一定的副作用，不可随意的滥用，所以患者在进行治疗前应进行全面的评估，在治疗过程中应进行密切地监测，严格的控制生长激素的剂量，保证效果。平时可以可以服用钙片，注意饮食，不要吃辛辣油腻的食物，做一个骨垢线方面的检查，如果骨垢线将要闭合，并没有完全闭合的情况下，可以短期使用生长激素，应多吃蔬菜和高蛋白食物，和优质蛋白食物和含有钙丰富的食物。
矮小症的宝宝是需要查脑垂体的。矮小症的诊断标准是同年龄、同地区、同性别、同种族前提下，身高低于标准身高第三百分位或低两个标准差以下。一般矮小症患儿需要做影像学检查、内分泌检查和营养检查。
1.影像学检查：包括骨龄片判断生长成熟的程度，必要的时候就需要进行垂体核磁共检查。
2.内分泌检查：包括生长激素、甲状腺激素、肾上腺激素等。
3.营养检查：包括维生素、微量元素、体重以及脂肪情况等。如果临床确诊了矮小症以后，需要做相关检查以明确病因，进行对症治疗。
矮小症住院根据患者的情况和处理方式，医院的住院天数并没有明确的估计。
矮小症住院到儿童内分泌科或者生长发育专业检查，需要进行骨龄、血尿常规、肝肾功能、微量元素、性激素水平、甲状腺功能、乙肝三系、生长激素激发测试、头部核磁共振等检查，确定儿童的发育水平和原因，然后进行相应的检查，并展开针对性的治疗。要注意儿童的营养丰富。
矮小症检查要空腹。
身高、体重、全身重要器官的状况、骨龄、骨龄、骨骼闭合的程度、发育潜能、胰岛素、甲状腺功能；电解质；糖化血红蛋白；乙肝两对半；血气分析都是矮小症患者常进行的检查项目。
当然，并非所有体检都必须进行，应综合考虑婴儿具体情况，如生长激素、药物刺激试验、垂体MRI，以排除垂体发育不良、垂体肿瘤及其他垂体问题、染色体核型分析、对任何妇女及可疑男性核型分析以判断有无妇女先天发育不良等。
