脑囊虫病治疗的方法有药物治疗和手术治疗。通过药物将脑囊虫杀死，囊虫破溃时可能会有明显的症状，如颅内压增高、抽筋等，颅内压增高比较明显、急剧颅内压增高，或急剧的脑水肿时，需要手术治疗。
囊虫病要进行头颅的CT或者是磁共振的检查，来明确大脑之内寄生虫的数量、部位，以制定合适的治疗方案。必须在住院的情况下，在严密的监测下进行杀虫治疗，除了杀虫治疗之外，还要进行对症的支持治疗。
囊虫病又称猪囊尾蚴病，是可以服用药物的。囊虫病是猪肉绦虫的幼虫寄生人体各组织所引起的疾病。猪肉绦虫即链状带绦虫，可引起肠绦虫病。幼虫即囊尾蚴，可引起囊虫病。囊尾蚴可侵入人体各种脏器，引起相应症状，其中以侵犯恼部最为严重。
皮下组织囊虫病是由猪肉绦虫的囊尾蚴寄生于人体组织引起的疾病。侵犯脑部最常见，其他可寄生于皮下组织、肌肉及眼部等。绦虫病人是唯一传染源，感染方式有内源性、外源性自身感染和异体感染，青壮年发病率高。需要及时治疗。
囊虫病的防治主要是不吃生菜、生肉，饭前便后要洗手，以防误食虫卵。饮食方面要做到规律、合理，多食新鲜的水果和蔬菜，不吃生肉，饭前便后要洗手，以防误食虫卵，烹调务必将肉煮熟，肉中的囊尾蚴在54℃经5分钟即可被杀死，切生熟肉刀和砧板要分开。