卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
取卵后卵巢想要恢复快，需要注意以下几点：
1.养成良好的生活习惯，多休息，补充身体恢复所需要的营养，并保持心情的轻松愉悦。
2.可以通过多喝利尿的饮品以及吃西瓜等水果的方式来防止腹水过多。
3.饮食上需要以营养、易消化为主。避免激素辛辣、刺激性的食物。
4.预防便秘，可以适当的多吃一些能增加胃肠功能的食物，比如香蕉。
一般情况下，取出卵子后，大部分患者不会出现卵巢囊肿扭转。但对于个别患者，如果卵巢蒂较长，不排除卵巢扭转的可能。至于卵巢扭转出现的确切时间，不是很清楚。需要根据卵巢蒂的长短和患者的体力活动情况来明确判断。
如果患者活动频繁，而且活动过于激烈，卵巢蒂比较长，可以在比较短的时间内出现，有可能逆转，建议及时就医。
取卵后需要通过下述方法来恢复卵巢：
1、卵子摘除后要多喝一些利尿饮料，比如橙汁、西瓜汁、冬瓜汤、鲫鱼汤等，尽量保证每日的尿水量在2000毫升以上；
2、多吃一些易于消化的食物，比如汤面、粥、素馅包子等，避免便秘，因为肚子太紧会对子宫造成损伤。
3、多吃一些新鲜的果蔬，像草莓、葡萄、土豆、芹菜等；
4、多吃富含蛋白的鸡蛋和虾，最好是虾，虾含有丰富的蛋白质。
取卵后卵巢需要三个月的恢复期，女性在取卵后必须遵医嘱用药，不要擅自减量、停药，要避免剧烈运动，不要做大动作的行为。取卵后半个月内禁止性生活，适当增加水果、蔬菜的量，保持大便通畅。多进食富含维生素、易消化的食品，避免辛辣、生冷食物。
若肿块持续存在或者增大，则可考虑手术治疗。手术方式的选择需要根据病人年龄、生育要求及对侧卵巢的情况决定具体手术范围，年轻女性会尽量予以行卵巢肿瘤剔除术，保留正常卵巢组织。目前多数的卵巢良性肿瘤均可通过腹腔镜手术治疗，手术技术非常成熟。