扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
如果结石比较少，也比较小，有咽部异物不适感，或常有气味臭的颗粒样物咳出，可到耳鼻咽喉科，让专业医生取出。如果扁桃体结石比较大，并经常性出现，或由于扁桃体结石存在，引起慢性扁桃体炎反复急性发作，需要行扁桃体切除手术治疗。
扁桃体结石臭是因为扁桃体慢性、长期发炎导致扁桃体隐窝长期处于阻塞状态，分泌物引流不畅导致上瘾窝里存在上皮细胞脱落、白细胞、淋巴细胞、分泌物、食物残渣混在一起以及不易溶解的钙、镁等无机盐的沉积形成结石。
扁桃体内部存留的脓栓反复排出引起。因为扁桃体内部存有6-20个隐窝，发生急性感染时，隐窝内可以由白细胞和细菌浓缩成脓栓。而在间歇期时，随着吞咽动作的挤压，扁桃体内部的脓栓会逐渐的排出，从而引起一系列的症状。注意口腔卫生，如餐后、睡前刷牙，使用漱口液漱口。也可以尝试扁桃体按摩的方式，促进脓栓的排出，但是远期疗效不是特别好。
经常咳出扁桃体结石是因为没有保护口腔卫生，饭后未及时漱口，食物残渣长期隐藏在扁桃体隐窝形成的。随着人体的咳嗽动作是会被咳出来，但只是部位被咳出来，大部分扁桃体结石比较顽固，可以在喉镜下使用镊子夹取。