妊娠期间使用各种剂量的环磷酰胺对人和各种试验动物均有明显致畸作用Ⅲ级，妊娠期禁用该药。妊娠早期用药会导致脑、颜面结构、肢体、内脏器官的广泛畸形，中晚期用药则可引起胎儿生长受限、造血抑制和神经系统发育受损。妊娠前用药不增加胎儿畸形和流产发生率，停药3个月后可妊娠。
环磷酰胺对肾病综合征的作用主要是抑制免疫炎症的反应，降低尿蛋白，稳定肾功能，延缓肾功能的纤维化以及肾功能衰竭，防止进入到尿毒症期。环磷酰胺主要适用于激素依赖型，或者激素无效型的肾病综合征患者，主要是协同激素治疗。
男性喝酒，首先会降低精子的活力，还有可能会导致精子畸形，从而影响正常的受孕，而且怀畸形儿的几率也比不喝酒的男性要高很多。如果有生育要求的男性，一定要提前3到6个月戒烟戒酒，因为精子的生成周期需要三个月。
附睾的炎症可影响附睾功能，改变附睾内环境，从而影响精子成熟，使其受精能力下降；炎症也可致附睾管堵塞，影响精子的输出，这些均可造成临床上不育。是去医院检查治疗，急性附睾炎常先从附睾尾部发生，附睾管上皮水肿、脱屑、管腔内出现脓性分泌物，然后经间质浸润至附睾体部和头部，并可形成微小脓肿。晚期瘢痕组织形成附睾管腔闭塞，故双侧附睾炎常造成不育。
具有治疗各种自身免疫疾病的作用，膜性肾病的发病机制仅仅是由自身免疫损伤引起的，这是有针对性的治疗。环磷酰胺是一种免疫抑制剂，抑制细胞增殖，非特异性杀死抗原敏感性低的淋巴细胞，限制它们转化为免疫母细胞。
