小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
孕妇慢性肠胃炎的话，是肠道菌群紊乱所导致的，补充一些益生菌来缓解此情况，腹泻的厉害可以使用止泻药物进行止泻，腹泻频繁需要及时补充水分和电解质以免出现脱水和电解质紊乱。饮食要清淡，以流食为主，很快会恢复正常。
慢性肠炎主要症状无特异性，多数有不同程度的消化不良症状，主要有反复性的腹部胀痛，疼痛部位不确切，通常发生在饭后，大便稀薄并带有黏液，有的甚至带有少量脓血，排便次数增多，每日2次到3次或更多。
慢性肠炎是有由细菌、病毒或者寄生虫引起的胃肠道疾病。治疗慢性肠炎时需根据细菌药物敏感实验结果选用合适的抗菌药物。还有就是需要补充足够的液体以及纠正电解质和酸中毒。建议在日常生活中要有良好的用餐习惯，不吃变质和不干净的食物。养成餐前便后洗手的习惯。
小孩慢性肠炎是临床常见的症状之一，很多都有腹胀，大便次数增多等症状。治疗上可以口服药物改善腹泻、腹痛症状，也可以口服中药来进行治疗。同时注意饮食，不要饮酒和进食辛辣刺激的、生冷的食物。
儿童结肠炎一般表现为腹痛，腹胀，腹泻、便秘，粘液便或脓血便。可以口服益生菌进行对症治疗。平时多喝温开水，多吃新鲜的蔬菜和水果，饮食宜清淡易消化，不宜吃生冷及辛辣刺激的食物，每天要适当的运动，促进肠蠕动，保持大便通畅，同时注意腹部保暖，避免受凉。