宝宝每次睡醒了就咳嗽，其原因主要是常见于呼吸道感染的炎症。机体的抵抗力下降受到病毒、细菌、支原体、衣原体、立克次体等病原体入侵，使呼吸道黏膜出现充血、水肿，大量炎性物质渗出的炎症改变。
一般情况下，宝宝每次睡醒了就咳嗽，可能是呼吸道感染引起的，常见的有上呼吸道感染、支气管炎、肺炎、支气管哮喘等。
病毒、细菌、支原体、衣原体、立克次体等细菌侵入人体，引起呼吸道粘膜充血水肿，大量的炎性成分渗透，导致人体免疫力下降。在睡觉时，宝宝的交感神经比较活跃，痰会刺激呼吸道，导致咳嗽。家长及时带宝宝去医院治疗。
考虑是支气管炎引起的，跟感染、受凉有关的，也不排除咳嗽变异性哮喘，需要结合检查进一步明确病情，及时处理才行建议做血常规、支原体冷凝集试验、胸片、支气管舒张试验进一步明确病情，及时处理才行的，可以使用抗感染、止咳这些药物治疗。
咳嗽和吐血多种疾病都有，但最常见的是肺结核，由结核分枝杆菌引起的呼吸道传染性疾病，晚期可见到咳嗽、咳痰、吐血或咯血的表现，另外肺癌也会出现咳嗽、咳痰、吐血、消瘦、低热等表现，考虑手术、放化疗，还有就是支气管扩张，也会出现咳嗽、咳脓性痰液、咯血或吐血等。
小孩睡觉咳嗽很主要的因素，是一种过敏性咳嗽或哮喘。过敏性咳嗽的特征主要是夜间咳得厉害。哮喘特征之一称为咳嗽症，即早晨和晚上，也有在日间锻炼后，激动后。这种情况下，就很容易被医生诊断为哮喘了。因此夜间咳嗽在哮喘等过敏性咳嗽中占有很重要的地位。如果家长发现孩子晚上咳嗽，就要注意是否存在过敏性咳嗽。
此外，家长应该注意室内的湿度和温度。