对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿最主要的治疗方式是手术治疗。
肛周脓肿是很复杂的疾病，是肛线感染导致的，症状主要是红、肿、热、痛，会导致局部发热或全身发热，严重时会影响小便、大便。婴儿肛周脓肿和成人一样，手术治疗有效，缺点是肛周脓肿术后容易复发。复发后有脓包，此时没有其他的治疗方式，还是手术治疗为主。有肛周脓肿脓包不要单纯切开引流，建议直接手术。
肛周脓肿手术后复发是需要进行再次手术治疗的，必要的时候还要添加一些药物辅助治疗，日常的生活中不要吃一些过于辛辣刺激油腻的食物，还是要以清淡饮食为主，多吃新鲜的蔬菜水果，或者维生素含量比较高的蔬菜。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
这种病的复发是因为治疗不彻底或保养不当导致的。应该需要到肛肠科，或者是外科治疗。需要切开引流，消炎治疗。要治疗彻底，避免复发，不能吃辛辣的食物。术后需要好好休息。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。