畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
畸胎瘤不是卵巢囊肿，卵巢囊肿是卵巢上有椭圆形或者是圆形的囊泡，而且囊肿内是均匀一致的液性暗区，没有其他任何异常的物质出现，而畸胎瘤是囊肿内有各种各样的组织出现，包括牙齿，头发以及脂肪组织等。而且畸胎瘤有良性的成熟畸胎瘤和恶性的未成熟畸胎瘤区别，而卵巢囊肿通常都是良性病变，基本没有恶性。
首先畸胎瘤是肿瘤，是恶性的肿瘤。而巧克力囊肿是有良性的。去正规专科医院或正规医院专科诊断做个四维彩超，详细检查，对症治疗，遵医嘱，仔细配合医生治疗。平时多休息，锻炼身体，提高免疫力。不要乱用药。
巧克力囊肿和畸胎瘤的治疗方法主要是手术治疗。区分两者，其实通过CT扫描往往可以鉴别！典型的畸胎瘤具有三胚层组织，比如脂肪、牙齿、骨骼、毛发、肌肉等，如果CT显示病变内有组织成分，即可确诊为畸胎瘤。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，囊肿内往往存在出血，所以CT扫描主要以囊性病灶为主要表现，并且囊内的密度可以比较高，但是没有畸胎瘤的各种组织成分，所以鉴别不成问题的。
对身体有很大危害，畸胎瘤一旦确诊，必须争取早期手术切除，以避免良性畸胎瘤因耽搁手术而导致肿瘤恶变，同时可预防肿瘤感染、破裂、出血及并发症的发生，巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢造成的，大都有痛经的，巧克力囊肿和畸胎瘤的区别在于病情性质不同，但复发几率巧克力囊肿比较高，怀孕了对巧克力囊肿有治疗作用，畸胎瘤则有良性，未成熟及恶性之分，大多需要手术治疗。