皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
皮下囊肿可以不手术的保守治疗也可以。皮下囊肿分为腱鞘囊肿、皮脂腺囊肿、表皮样囊肿等，治疗方法不一样。腱鞘囊肿发生在四肢的腱鞘上，质地比较硬，开始包块比较小，约绿豆黄豆样大小，后来可以慢慢的增大。
囊肿的性质、囊肿的生长部位、囊肿的大小、患者的基本身体状况等因素，决定患者采取皮下囊肿手术时是否需要住院。
如果有一些囊肿比较大，又有继发性感染，并且患者本身的情况比较糟糕，同时还有一些原发性的疾病，那么就需要住院。当然，大部分的皮下囊肿手术都不需要住院，只需要在门诊手术室进行局部麻醉即可。
手术后要注意饮食、营养和护理，以促进伤口早日恢复。
囊肿的大小切开皮肤的，具体有多大是按照囊肿的大小来切开的，只是在皮下，是一个小手术，一般1到2周就可以恢复的，在做手术的时候会打麻药，没有痛苦的，术后要保持伤口周围清洁，每天用碘伏消毒，预防感染，穿棉质透气性好的衣服，拆线以后就可以洗澡。
皮下的囊肿也属于肿瘤的一种，肿瘤的发生与吸烟以及不良的饮食生活都一定的关系。
囊肿也属于良性的病变，一般少发生恶化，若无症状动态观察，若有症状则以手术切除或者是局部微创治疗为主，能临床治愈;良性的肿瘤，不具有过渡性的增值特性，有些良性的肿瘤，仅局部的刺激后可有恶变的倾向，建议要动态观察，若增长迅速，建议活检或者是手术切除治疗。
对于皮下囊肿，需要进行外科治疗，如果是皮下囊肿比较小，可以先进行保守治疗，不需要进行治疗。
皮下囊肿一般有皮脂腺囊肿和皮样囊肿两种类型，一旦发生感染，需要手术治疗。另外，由于炎症引起的肿物与周围的界限不清楚，应积极进行抗感染治疗，待感染得到控制后，再进行外科切除。有些皮下囊肿与局部皮肤有很大的联系，要将其连同局部皮肤一起切除，以免再次复发，因此治疗皮下囊肿的方式主要是手术。保守治疗只能暂时观察，一旦病情发展到一定程度，就要进行外科手术，以免肿物生长太大，导致局部皮肤缺损较大，需要进行植皮。