生理性卵巢囊肿可能是环境因素、饮食、内分泌等原因导致的。如果生活环境中存在电离辐射，可能会导致人体内分泌失调，造成卵巢囊肿。如果进食过多富含植物生长激素、瘦肉精类等激素食物，可能会导致激素分泌异常，形成卵巢囊肿。如果体内激素水平不稳定，内分泌旺盛，过多的雄激素，可能会出现生理性卵巢囊肿。女性可以注意日常护理，调节作息。
目前还没有专门的理论来解释卵巢囊肿的原因，但一般和遗传因素以及个体因素有关。
1、遗传因素：女性或外祖母患有卵巢囊肿的后代更容易得卵巢囊肿；
2、个体因素：正常发育时出现的良性囊性肿瘤，比如卵巢畸胎瘤。所有的患者都有不同的原因。
女性在做卵巢囊肿的时候，可以主观的触摸到附件区囊性肿物或者是包块。通过B超、彩超等检查，可以明确腹前区是否有囊性肿块，具体的可以通过磁共振和CT检查来明确。
引起卵巢囊肿的原因有很多，比如内分泌因素、遗传因素、环境因素、生活方式因素等。卵巢囊肿是妇科常见的良性肿瘤，分为生理性的和病理性的两种。生理性的卵巢囊肿可以不予治疗，比较小的病理性的卵巢囊肿，可以使用药物治疗或者暂时不予治疗，定期复查即可，一般3-5个月复查一次。对于增长比较快、大于五厘米的卵巢囊肿，可以采用宫腔镜下手术治疗。平时要注意个人卫生，保持外阴清洁干燥。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
多卵巢囊肿的出现会与饮食有一定的关系，由于不好的饮食结构和生活习惯不好，就会引起肾虚，肝肾同源，肾卵巢囊肿病理虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，引发疾病出现。内分泌因素也会导致卵巢囊肿的出现，一般多发生在未产妇或未生育妇，妊娠对卵巢肿瘤似有对抗作用，认为每日排卵所致卵巢表层上皮细胞反复破损与卵巢囊肿的原因有关。