引起婴儿入睡摇头晃脑的原因有很多种：
一是头痒，有个风俗是婴儿满月之前没有为婴儿洗发，使头发变得脏乱，若大量流汗，则可使头皮痒得难受，婴儿不表达，只靠摆头减轻痒状；
二是婴儿头湿疹，由于大量流汗或者穿厚厚的衣物，使湿疹发作，还会痒得很厉害，靠头前后磨蹭才能达到搔痒效果；
三是钙、维生素D不足可使婴儿大量流汗，头皮痒得厉害，使婴儿爱往返摩擦。
宝宝的身体发育的各项指标都很正常，摇头是正常的，宝宝只是想通过摇头来吸引家长的注意力。如果宝宝在经常摇头的同时，还出现嗜睡、夜惊等症状，则可能是由于缺钙所致，此时在饮食方面就需要多补充钙元素。
三个月宝宝睡觉摇头，我们要分析是生理性的还是病理性的。生理性的摇头，一般是在孩子快要入睡的时候出现，完全睡着之后就会消失，这种现象一般在六个月之前的孩子可能会有，这是正常的生理现象。也有一部分孩子睡觉摇头，是由于缺乏维生素D或钙元素造成的，就属于病理性的原因，一般在及时补充维生素D或钙元素后就可逐渐改善。
宝宝睡觉摇头有一部分是因为婴儿新陈代谢快，植物神经功能不成熟，入睡后出汗多，汗液刺激头皮，出现瘙痒症状，所以会摇头。另外佝偻病宝宝也会出现多汗和易激惹，神经兴奋性增高，夜间容易出现惊醒和摇头。
九个月宝宝喜欢睡觉摇头属于正常的现象。
因为这时宝宝在潜意识睡眠中，会出现异常的抖动现象，等宝宝睡熟这种现象就会逐渐的消失。而宝宝在睡眠过程中出现强度较高的摇头的现象时，家长要注意可能是湿疹引起的宝宝睡觉摇头。如果是因为湿疹应该及早的就医，如果宝宝缺钙也可能会引起宝宝摇头现象，当宝宝生长过速，体内的钙就会缺乏，缺钙的时候头皮就会痒，建议给宝宝做个微量元素检查，如果缺钙，及时给予补充。
一般情况下，五个月宝宝睡觉摇头可能是头部湿疹、缺钙等原因导致的。具体内容如下：
1.头部湿疹：如果家长没有注意五个月宝宝的头部清洁卫生护理，可能会导致宝宝长头部湿疹，从而局部瘙痒，出现五个月宝宝睡觉摇头的情况。
2.缺钙：如果五个月宝宝存在缺钙的情况，容易导致出汗增多，睡觉不舒服，为了缓解这种不适感受，可能会出现宝宝睡觉摇头的情况。