血尿多半是由于泌尿系本身疾病所致，其中以肾小球疾病，肾囊肿、结石前列腺增生、尿路感染性疾病及肿瘤最为多见。其他如凝血异常，血小板减少、血友病、坏血病，全身性疾病也可引起血尿。
常见原因是泌尿系统疾病，大部分原因主要是由于泌尿系统疾病引起的，如肾小球疾病、间质性肾炎、尿路感染、泌尿系结石、泌尿系肿瘤、多囊肾等。还有全身性疾病，如感染性疾病、血液性疾病、自身免疫性疾病、心血管疾病。由尿路邻近器官的疾病造成的，如前列腺炎盆腔炎、宫颈炎、结直肠炎。
终末血尿就是在快解完小便的时候出现血尿。比较常见的疾病有泌尿系统结石，泌尿系结核和泌尿系统恶性肿瘤，常常伴有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激征的情况。可以做泌尿系彩超，小便常规等检查有助于明确病情。对于泌尿系结石可以做体外冲击波碎石治疗。
血尿是由尿路邻近器官的疾病造成的。如前列腺炎盆腔炎、宫颈炎、结直肠炎。还有化学物品或者药品损害，比如磺胺类、避孕药、重金属、环磷酰胺、抗凝剂等造成的。另外，还有一种是功能性的血尿。
产生血尿的原因很多但主要由泌尿系统疾病引起如肾结核、肾炎、尿路感染、尿路结石血尿同时伴有较长期的尿频、尿急、尿痛者以肾结核的可能性较大，如血尿伴眼睑、面部或全身浮肿血压增高及发热等症状可能是急性肾炎，如血尿伴剧烈的尿频、尿急、尿痛者大多为急性膀胱炎。