氯氮平的相对严重的副作用是白细胞下降，属于较危险的副作用，需要定期检查血常规，观察白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物，若白细胞下降较明显，需到血液科进行治愈。
氯氮平的副作用，有以下几种，镇静作用强和抗胆碱能力有不良反应的角度，常见的有头晕、无力、嗜睡、多汗、流口水、恶心、呕吐、口干、便秘，心动过速。常见食欲增加体重的增加。可引起心电图异常改变，可引起脑电图改变或癫痫病的发作。严重不良反应为粒细胞缺乏症以及继发性感染。可引起尿失禁和中枢系统紊乱。
氯氮平治疗精神分裂症疗效可靠，且价格便宜。但本药副作用大，长期大量使用氯氮平会导致血液成分的异常，损伤肝脏肾脏或引发糖尿病、体重增加等。一般不提倡将本药用作治疗精分的首选药物。建议用药期间定期查心电图、血常规、肝肾功能和空腹血糖。
失眠不能吃氯氮平。
临床上不使用氯氮平治疗失眠。氯氮平主要用于治疗精神分裂症（如精神病的急性期或维持期），也可用于治疗继发性情感障碍。氯氮平中常见的不良反应较多，会导致嗜睡和体重增加，因此对损失有一定影响，但副作用也很多。单纯用氯氮平治疗失眠是错误的。因为氯氮平也会引起头晕、头痛、体位性低血压等其余问题。另外，严重的人会引起患者的延迟锥体外系运动障碍，因此不能用氯氮平睡觉。治疗失眠的常见药物中，有很多药物，如安定、氯硝西泮、雌唑仑，这些药物是苯二氮卓类的镇静剂，从长期来看，不会有氯氮平的副作用。
服氯氮平后多数病人有便秘症状，可辅助通便类药物缓解。还有可能白细胞下降，属于较危险的副作用，建议定期检查血常规，观察病人白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物。
安眠药一粒的效果能持续5-6个小时，但是吃一粒安眠药能睡多久，是不能确定的，因为不同的药物在不同体质人的身上，效果也是不同的。如果是正常的成年人，从来也没有口服过安眠药物，吃一片正常剂量的安眠药，睡眠的时间就会在5-6个小时左右。