小三阳病人首先应检测肝功能，化验血中HBV-DNA含量及前C基因变异情况，并通过必要的肝活检来正确分析这种小三阳是否需要采取治疗措施。如果肝功能正常，HBV-DNA阴性，不需要治疗，半年定期复查。如果肝功能异常，HBV-DNA阳性，则需要治疗。
乙肝小三阳的转阴，首先应该将病毒定量转为阴性，可以选择口服核苷酸类的药物，在短期内将病毒转阴，肝功能恢复到正常。干扰素的治疗除了起到抗病毒的作用，还可以起到很好的调节免疫方面的作用，可以使表面抗原转阴。
如果乙肝小三阳，病毒学检测也就是HBVDNA阴性，肝功酶学正常，彩超等影像学无任何改变，年龄小于50岁，无家族的肝癌病史，可以不用治疗，半年到一年一次系统检查。如果小三阳，HBVDNA高于检测线，肝功能异常，彩超提示肝硬化，或者肝脏结界，年龄大于50岁，家族有肝癌病史，尽早进行抗病毒治疗。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗小三阳病人，定期复查肝脏功能，病毒DNA定量，也可以做个肝胆彩超，密切监测病情的进展，一旦发现转氨酶和病毒繁殖活跃，需要使用抗乙肝病毒药物。
乙肝小三阳患者肝功能始终正常即病毒携带者，临床往往没有任何症状和正常人表现一样。如果乙肝小三阳发生肝功能的中度轻度的改变，表现出消化道症状，如食欲不振、恶心、呕吐、厌油腻、腹胀、大便性状的改变等。