肾盂肾炎可分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎。急性肾盂肾炎的治疗主要控制感染，慢性肾盂肾炎多数无明显临床症状，可定期监测尿常规及尿培养，药敏进行抗感染治疗。
慢性肾盂肾炎的治疗:一般治疗，注意个人卫生，摄入充足水分，定期排空膀胱，睡前排尿，可行二次排尿法。寻找复杂因素并去除，如手术解除梗阻或纠正反流等。应用抗生素治疗的原则：仅治疗有症状的细菌尿、用药之前行细菌培养并根据药敏结果选用抗生素、忌盲目使用抗生素而不注意去除复杂因素。
慢性肾盂肾炎的治疗分为普通治疗和抗感染治疗两部分，普通治疗包括多饮水，勤排尿；若伴有发烧，应对症降温处理，并卧床休息；若有结石或者畸形存在，可以进行外科治疗。抗感染治疗，针对培养细菌，进行相应抗感染治疗。治疗以后也需要每月复查1-2次，若有复发情况发生，则继续进行治疗，直到尿细菌培养为阴性为止。
治慢性肾盂肾炎的办法是：抗菌药物治疗，常需两类药物联合应用，药效无用时可选用敏感药物分2-4组，轮换应用，可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。病因治疗，首先应找寻不利因素，如尿路结石、畸形、尿道颈梗阻、前列腺炎、尿道内炎症病灶、膀胱输尿管返流等，并设法纠正。
肾结石合并肾盂肾炎，肾盂肾炎是上行性尿路感染的一种类型，使用抗生素抗感染治疗，同时根据结石的大小再采取合适的碎石方式。平时注意休息，避免油腻及辛辣刺激性饮食，多饮水。
治患了急性肾盂肾炎的方法有：对症治疗，热、头痛、腰痛明显者，可给退热镇痛类药物，对尿急、尿频、尿痛症状明显者，可给予解疼类药物以缓解尿痛及排尿困难等尿路不适。一般治疗，多饮水，勤排尿，以降低髓质渗透压，冲洗掉膀胱内的细胞，目的在于缓解症状，防止复发，减少肾实质的损害。