治疗难度根据病情而定，可以选择保守治疗，比较适合肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能达到平衡和稳定状态的患者。当患者肾积水逐渐加重，临床症状明显，肾功能持续下降，梗阻原因明确，并发症多时，应及时进行外科治疗。
肾积水的治疗方法有手术切除，取石治疗等方法。肾积水是由于泌尿系统的梗阻导致肾盂与肾盏扩张。其常见的症状有腹部包块和腰部胀感，伴有恶心、呕吐、腹胀、尿少等。近期不要吃过于硬化的食物，可以吃些富含维生素类的蔬菜水果。
病因治疗，需要查明病因针对性治疗，原因可能是炎症感染，或结核杆菌感染，或者结石的原因造成的，也有可能是输尿管发育畸形。如果是炎症感染造成的，需要应用抗生素控制炎症。结石需要采取体外碎石，也可以采取药物溶石的方法治疗。如果发育畸形造成的需要采取手术治疗；肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时，如对侧肾功能良好，可切除病肾。
肾积水的治疗主要是针对造成肾积水的原发疾病来治疗，患者身体状况较差不能接受手术治疗方法的患者，也可以通过临时架设管道来暂时缓解肾积水。普通较大的肾囊肿的治疗方法，通常可以采用穿刺引流或者微创手术来彻底解决。
病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；手术疗法，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
肾积水的治疗方法有局部处理、引流、整形手术。在梗阻部位可用局部处理解决，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于梗阻严重，已造成肾脏严重积水的患者，需先作造瘘引流解除患者的不适。