怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
核磁共振没有电离辐射，对人体健康是没有危害的。主要可能存在一些风险，一个是核磁共振机器运转时会产生明显噪音，而且检查时孩子需要一个人躺在一个相对封闭的空间，会出现恐慌的情绪，长时间处在这样的环境下，噪音会引起耳鸣等不适，只要用棉球塞住耳朵，耐心安抚孩子情绪。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
孕期尽量不接受核磁共振检查。如需明确诊断，亦可进行核磁共振检查，但在妊娠早期，即妊娠头3个月内，尽可能不进行核磁共振检查。
由于在怀孕早期，胎儿各脏器都处于发育成熟阶段，是致胎畸形敏感期，妊娠中晚期可进行核磁共振检查。如妊娠中晚期，胎儿侧脑室宽大，一般不超过1.0厘米，如果超过1.5厘米的话，彩超即可确诊为脑积水；
若侧脑室宽度为1.0~1.5厘米，则需核磁共振来明确胎儿畸形及去留。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
前放射科常用的检查设备包括X线机（包括CR和DR）、CT、磁共振、SPECT/CT、PET/CT和PET/MR。不同检查设备有不同的特点，磁共振对神经、骨骼系统显示效果比较理想，胸部和腹部的解剖细节是CT的优势。现在最先进的机器设备是PET/MR和PET/CT，实际上这是两种机器合成在一起的设备，即PET和磁共振结合在一起，PET和CT结合在一起，一台机器有两台机器的作用，目前主要用来肿瘤的检查。