肾结石的临床表现是因为肾绞痛发作引起的神经刺激，导致胃肠道功能紊乱，有的人会出现恶心、呕吐等情况，尤其是肾结石落入输尿管，造成输尿管狭窄，从而引发肾绞痛发作。如果出现一过性的疼痛症状，主要是因为小结石晶体落入输尿管，与输尿管粘膜产生摩擦，引起一阵性的输尿管绞痛，结石晶体排出后，疼痛会自行消失。血尿是由结石与肾盂和输尿管粘膜的摩擦造成的。所以要定期复查肾结石，避免结石进入输尿管，长期下去会造成肾盂积水，从而影响肾功能。
通常来说，肾结石老是半夜痛可能是多种原因导致的，具体分析如下：
这种情况主要是由于夜间不动，突然起身等动作，可能会使结石移动和摩擦，从而引起突然的疼痛。治疗结石的疼痛一般有两种，一种是用杜冷丁之类的镇痛剂，可以压制痛感，但不能根治。另外一种办法是解痉，常用的利尿、解痉、排石的中成药有尿石通丸、排石颗粒等。
在静态时，肾脏结石通常不会表现出来，但是随着肾脏逐渐增大，会有结石向下移动，移动，掉落等情况。由于这颗石头呈多形，质地较硬，如果往下移动，很容易割伤到输尿管，引起局部肿胀，疼痛，发炎等症状。需要进行尿道平片，尿常规检查可以确定结石的位置，大小，有没有被发现。这样才能对症进行有效的处理。如果有明显的疼痛症状，可以使用双氯芬酸钠利多卡因来进行镇痛。
一般情况下，肾脏结石是引起腰疼的重要因素之一。尿路结石是一种常见的泌尿系统疾病，约有半数的肾结石会有腰痛的表现，其病因是由肾内的结石堵塞引起的。结石伴有炎症的尿液可引起肾脏的炎症；常见的是腰酸胀痛，急性阻塞时可有典型的肾绞痛，如腰间有刀子般的痛感，这种痛感可能波及到同一侧的腹部和会阴区。如果患有肾结石，可以在医生的指导下使用药物进行治疗，如排石颗粒、结石通胶囊、肾石通颗粒等，有较好的治疗效果。
肾结石引起的疼痛可能是整个尿路，包括肾脏，输尿管，膀胱、尿道为管道系统，存在结石时，会导致梗阻，可引起肾脏内压力升高，表现为胀痛隐痛。也可能是体积较小的结石在肾脏内可活动，也可向输尿管下方移动，输尿管结石在其中的活动和移动，可刺激平滑肌，引起绞痛。可能是结石合并感染、炎症，可引起周围肾组织及输尿管的炎症，也可导致炎症渗出，引起病人疼痛。