治疗方法有以下两种，药物治疗：西医治疗扁平疣一般多会以药物为主，药物治疗扁平疣多从抗病毒、增强免疫功能方面下手。激光治疗：是目前治疗扁平疣比较常见的一种方法，激光治疗扁平疣在临床有较大优势，激光治疗的方法可以作用到疣体基底，被黑素颗粒吸收，使之凝固破裂和气化。
扁平疣患者平时饮食建议宜清淡，多吃新鲜蔬菜水果，扁平疣患者还可以选择将荸荠削去皮，用其白色果肉摩擦疣体，每日3～4次。每次摩擦至疣体角质层软化、脱掉，微有痛感或点状出血时为止。
这个药物不可以治疗扁平疣。这个药物的主要作用是健胃消食，涩精止遗。胃肠功能不好、腹胀效果明显。疣主要是人乳头瘤病毒引起的，是属于病毒的感染。必须要配合抗病毒的药物治疗。对于疣体较大的，药物治疗效果太慢，可以考虑激光、冷冻治疗。扁平疣有一定传染性，需要及早治疗。
扁平疣的最佳治疗方法是皮下埋入术。皮下埋入术是一种有创性的治愈，能够让身体产生一些对于人类乳头瘤病毒的抗体，使身上已经生长的扁平疣自行的吸收或者脱落。
扁平疣是一种常见的疣病，可以用针灸的方式来进行治疗，比如针灸阿是穴、曲池、合谷等。
临床上治疗疣病以疏风化湿、排毒消肿为主。可以选择阿是穴、曲池、合谷等穴位来进行调理。刺疣疮主要应用于局部的阿是穴和出血，具有解毒散瘀的作用；曲池、合谷具有疏风散热的作用。针灸以上穴位，通常可以有效治疗扁平疣。
在日常生活中，患者应注意个人卫生，勤换衣物，保持清洁，防止细菌感染。
常见的扁平疣治疗方法有外用药物治疗，物理治疗，对于其治疗，我们也是要很小心的，以免蔓延到皮肤的其他部位。扁平疣的治疗方法有很多，选择最适合自己的治疗方法。