一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
绝经后出现的卵巢囊肿一定要注意，不要把它当成是一种普通的疾病，如果肿瘤标记物不是很好，那么就需要做一些随诊的检查。
3-6个月做一次B超检查，发现囊肿在短期内有明显的增长，要考虑是否有恶性的疾病。应视手术后的病理情况而定。
良性疾病患者术后需进行辅助性化学治疗，若囊肿仍在绝经期，建议行外科手术，以清除肿瘤，以确定是否有肿瘤。日常生活中要密切观察是否有腹部疼痛和突然的腹部疼痛，有可能是囊肿扭曲引起的。
一般情况下，停经后查出患卵巢囊肿不排除恶变，具体分析如下：
如果女性已进入绝经期时，身体激素水平会发生变化，体质抵抗力就会相对降低，恶变机会就会增加。因此建议要及时检查和治疗，通常都是在卵巢囊肿上做手术，可以根据临床实际来决定术式。手术后要做好各项基础工作，并注意护理，避免进行剧烈运动，并保持积极乐观的心态。
2cm的卵巢囊肿一般不需要特别治疗，需要进行动态的检查，等下次来例假后做一次子宫附件彩超检查。如果检查子宫附件的时候，发现囊肿比以前更大，并且在5cm以上的时候，需要做外科手术。如果囊肿继续生长，并且生长速度较慢，肿块标记也是很好的，可以服用红金消结胶囊类的药物，服用两周左右，下一次来例假，以确定囊肿的状况。
通常情况下，良性卵巢囊肿可以通过手术来治疗。具体分析如下：
卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，由于卵巢囊肿不会具有恶变的可能，因此，临床上对于没有临床症状卵巢囊肿可以不给予任何处理，单纯给予临床观察即可，常规进行超声检查，妇科检查和化验肿瘤标志物CA-125检查即可。但是，对于卵巢囊肿较大，伴有压迫、阻塞周围组织器官功能的，或者因为卵巢囊肿可能导致蒂扭转危险的患者，则建议手术治疗。
严重的卵巢囊肿建议尽快手术给与治疗，并且在月经干净三天到七天做手术，手术之前可以抽血检查妇科肿瘤三项来了解癌胚抗原癌肿抗原是否异常，患者可以选择腹腔镜手术，无论是哪种方式都建议在手术后将切除的肿瘤送病理给予化验。
如果是在手术过程中发现或者怀疑囊肿有恶性变，建议做病理切片给予诊断，再在以上的指导下决定手术范围。