巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
目前还没有专门的理论来解释卵巢囊肿的原因，但一般和遗传因素以及个体因素有关。
1、遗传因素：女性或外祖母患有卵巢囊肿的后代更容易得卵巢囊肿；
2、个体因素：正常发育时出现的良性囊性肿瘤，比如卵巢畸胎瘤。所有的患者都有不同的原因。
女性在做卵巢囊肿的时候，可以主观的触摸到附件区囊性肿物或者是包块。通过B超、彩超等检查，可以明确腹前区是否有囊性肿块，具体的可以通过磁共振和CT检查来明确。
妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。
怀孕不会导致卵巢囊肿。卵巢囊肿的发病原因：.遗传因素。卵巢是排卵、分泌性腺激素的重要器官，卵巢肿瘤多发生于生育年龄。长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。
卵巢囊肿和内分泌失调，生活习惯，饮食习惯等都有关系，还有与遗传因素和环境因素等都有关系，主要表现为小腹的疼痛，白带增多，有异味，月经失调，而且还可以在小腹部有一个坚实却是不痛的肿块，有时会发生性交疼痛。检查确诊有卵巢囊肿，需要及时的用药治疗，可以选择一些中成药，或者可以中医调理，平时生活上要减少吃辛辣食物，可以多吃青菜水果，也不要吃海鲜的饮食和发物。
长期的饮食习惯，如果女性的生活习惯差、心理压力大都会让女性的体制过度酸化让人体整个的技能下降导致卵巢内分泌失调免疫功能下降导致卵巢囊肿甚至癌变，内分泌因素：卵巢肿瘤大多都发生在未产妇的身上妊娠对于卵巢囊肿有着一些对抗的作用每日排卵导致卵巢表皮细胞这与卵巢瘤发生有关引起卵巢囊肿的原因之一。