肺结核的治疗最主要是针对结核分枝杆菌的抗痨治疗，抗痨药物有很多种，它们的副作用根据不同药物种类而不相同。可能会引起肝损伤，还会导致血尿酸升高，出现关节痛的现象。副作用大的情况下要赶快停药。
对药物过敏的，可以先口服点抗过敏的药物。如果效果还可以继续坚持服用抗结核的药物。如果效果欠佳症状严重，病人难以忍受的话。需要换药，停药或者说是换用其他的抗结核的药物。
抗结核药物有很多种，每种药物的副作用也不尽相同，但普遍存在肝、肾毒性及胃肠道反应。具体来说，有的主要副作用是肝损害及周围神经炎等。有的副作用主要表现为消化道症状。有对肝损害和皮肤损害较明显。建议根据自身肝肾功能及体质情况，遵医嘱选择对自己副作用小的药物联合应用治疗。
肺结核药物主要是对肝脏有损伤，所以在应用抗结核治疗药物应该定期监测肝功如果肝功一场还需要保肝治疗，对心脏是没有副作用的。肺结核药物副反应较多，常表现为食欲不振、恶心、全身关节酸痛、精神差，严重者可出现视力、听力下降，且有呕吐、肝肾功能异常、精神症状等。
肺结核药物导致的肝损伤，可以服用药物进行护肝保肝治疗都是可以的，服用抗结核药物对肝肾功能还有肠胃都有一定的副作用存在，一定要按时做复查。按要求服用护肝药物，但结核药物是不可以停止服用的，一定要按时服用，多补充维生素，饮食营养均衡。
肺结核药物引起肠炎应及时咨询医生。肺结核的病原菌为结核分枝杆菌，当结核分支杆菌侵入人体时，人体会通过免疫系统对结核分支杆菌产生特异性的免疫反应，是否感染结核菌取决于结核菌的毒力和肺泡巨噬细胞的杀菌能力，当人体免疫功能低下时，就会感染结核菌，主要通过呼吸道传播，在咳嗽、大笑、大声谈话时结核菌可以排到空气中而传播。