宝宝蛋白质消化不良首要改变喂养的方式，哺乳期的宝宝常因为喂养方式不当而伤到宝宝弱小的脾胃，宝宝在夜间睡觉前不要喂的过饱，也不要喂养后立马哄宝宝睡觉，不要过早给孩子补蛋白的食物。
儿童消化不良应该找出病因，然后对症治疗。
建议儿童注意做好以下几点：1、饮食不当是常见原因，注意避免暴饮暴食，避免摄入容易过敏的食物，还应注意按时就餐，少吃零食；2、肠道微生态失衡也是较为常见的因素，可在餐后半小时服用益生菌调理肠胃功能，如双歧杆菌、乳杆菌、布拉氏酵母菌等；3、脾胃功能虚弱者也要注意，可服用消食健脾胃类的中成药，如婴儿健脾散、四磨汤口服液等。
适当的吃一些健胃消食片缓解，给孩子服用药物治疗，如果孩子减少饮食量以后，消化不良的症状没有得到明显改善，要及时加用消化不良的药物进行治疗。比如给孩子服用消食导滞的中成药，对孩子消化不良具有明显的改善作用。
可以给予必要的药物治疗，另外注意少食多餐，避免进食过多油腻食物，孩子多半会很快好转。另外如果孩子恶心呕吐较为剧烈，且伴随有体液的大量丢失，最好及时的到医院进一步检查并治疗，因为呕吐可以有很多原因引起，比如幽门狭窄，急性肝炎，颅内高压等，并不一定都是消化不良。
3岁儿童消化不良可以服用药物改善脾胃功能治疗，合理喂养，少量多餐饮食，防止加强胃肠负担，注意加强水和电解质补充，防止脱水。消化不良肠管积气现象，主要是脾胃不和，胃气上逆所致。胃为水谷之海，无物不受，若因饮食不调，起居不时，致脾胃阴阳不和，脾之清阳不升，胃之浊阴不降，或胃中生痰生火，或脾胃虚衰，致使胃气上逆而为嗳气。
宝宝消化不良可以通过改善生活方式、调整饮食结构、药物治疗等方式来调理。
首先，可以多做游戏和有氧运动，促进肠胃蠕动和消化，改善消化不良。建议每天保持一定的运动量，促进身体发育，促进肠道消化，养成良好的排便习惯。其次，消化不良可能与进食过多、消化不良有关，建议减少进食量，少食多餐，定时定量进食，避免食用辛辣油腻的食物。日常生活中多吃富含维生素、纤维素的水果、蔬菜，如苹果、香蕉、芹菜等，纤维素能促进肠道蠕动，促进肠道的消化。如果长期消化不良，可以口服乳酸菌素片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、胰酶肠溶胶囊、神曲消食口服液等药物治疗。儿推拿、中药敷贴、推拿、按摩等也可调理脾胃功能。