做过光子嫩肤如果操作不大，有可能会对皮肤造成损伤。光子嫩肤利用光子的强烈照射能够穿透到皮肤深层，可以去除软化的角质层，而且还可以刺激胶原蛋白再生，如果操作不当或者护理措施不好，有可能会对脸部造成损伤，因此在治疗时一定要选择正规的美容医院，能够降低对脸部的损伤，在做完以后局部的角质层比较薄，外出还要适量涂抹防晒或者打遮阳伞。
通常情况下，光子嫩肤是不会有什么副作用的。光子嫩肤的原理是通过强脉冲光作用于皮肤表皮和真皮，促进里面的胶原纤维，弹性纤维增生，进而使皮肤变得光滑有弹性，减少皱纹和褶皱。光子嫩肤的强脉冲光由于光热作用，还可以破坏和分解皮肤内的色素。当色素被破坏后，随着皮肤局部的代谢，可以将破坏后的色素参与物质消除，进而达到美白去黑色素的作用。光子嫩肤治疗结束后要加强皮肤清洁工作，养成规律的作息与饮食，避免长时间接受电脑、手机辐射。
一般情况下，光子嫩肤是不会有什么副作用的。光子嫩肤原理是选择性光热解原理，光热解原理会有一个特定的光谱阶段，能够对色素和血管进行爆破和损毁性治疗。还有就是光的生物热刺激作用，可以刺激真皮的后续胶原的重组和增生。促进胶原纤维，使弹性纤维增生，皮肤就会变得光滑有弹性，也可以减少皱纹的发生。做完光子嫩肤后最重要的就是做好皮肤护理，一个星期内避免化妆，避免紫外线照射，不可熬夜。
光子嫩肤后可能出现轻微的热灼感，但持续半个小时到两个小时左右会自动消失。光子嫩肤是一项拥有宽光谱非介入性的光动力疗法,它是利用光子嫩肤仪强脉冲光子产生的光化学作用,刺激肌肤,使真皮层胶原纤维和弹力纤维产生分子结构的化学变化,数量增加,重新排列,恢复其原有的弹性,从而达到消除皱纹和缩小毛孔的治疗效果。做光子嫩肤，求美者在选择机构时，一定要选择正规的机构，不要因图便宜而去选择非正规机构，这样会加大产生副作用的几率。
光子嫩肤的副作用因人而异，会出现色素沉着斑或出现痤疮样发疹和水疱。光子嫩肤非常安全，几乎没有什么副作用，这是光子嫩肤治疗的一个非常大的优点。但是和任何治疗都一样也具有两面性的，不能绝对化。光子一方面是治疗色素性皮肤疾病非常好的治疗方法，但也有引起皮肤色素性改变的潜在风险。况且人们个体是有非常大的差异的，一少部分人也可能会出现色素沉着斑，极少数人可能会出现痤疮样发疹和水疱。建议治疗应在正规的医院里进行，那种把光子嫩肤说成绝对安全，无限夸大疗效，甚至在美容院里就进行治疗的做法是不可取的。
光子嫩肤有副作用，造成皮肤敏感，黑色素沉淀。进行光子嫩肤之后，少数患者会出现皮肤色素性改变，水疱和痤疮样发疹。引发皮肤炎症影响美观。并且特殊肤质会出现红斑，皮肤变薄，两颊会有红血丝，会增大皮肤的敏感性，皮炎出现的几率高，对皮肤造成比较严重的损害。还有可能会引起皮肤色素沉淀，会有色斑形成，后期可能会慢慢变淡，也有可能效果不好，皮肤会红肿，还会有明显的疼痛感。需要注意，术后不能阳光直晒。饮食清淡，避免辛辣刺激食物。