松果体囊肿所带来的危害主要与囊肿的大小有关。
体积小的松果体囊肿，对周围组织的压迫作用很小，一般没有明显的自觉症状。体积比较大的松果体囊肿，由于对周围的组织产生压迫作用，可能会引起颅内压增高的表现，如恶心，呕吐，头痛；也可能会引起一些局灶性的症状，如视力障碍，听力障碍。
建议进一步检查后积极治疗与预防，注意休息、避免过度劳累等、最好到医院检查脑部的核磁共振检查。
松果体区的小型囊肿通常没有任何征兆，通常无需手术，但是需要经常进行检查。如果肿瘤体积增大，会对导管造成压力，导致阻塞性脑膜炎，可以行脑室-腹膜分流手术，以减轻其水肿。
此外，也可以在手术中应用松果体区囊肿-脑室造瘘术，对松果体区囊肿合并脑膜腔内窥镜下切除，既能减轻颅内水肿，也能消除病因，减少术后的并发症，效果良好。
松果体囊肿引起的症状大多源自于囊肿体积较大，对松果体及其周边重要脑结构产生了压迫，临床上较常见的症状有颅内压增高症状，比如头痛，呕吐。眼部症状，比如视物模糊，眼球运动障碍。压迫导水管造成梗阻性脑积水，昼夜节律障碍，癫痫，耳鸣等。松果体囊肿压迫腺垂体会使性腺激素分泌减少，引起不孕。
松果体囊肿在囊肿非常小的时候是没有什么症状表现的，没有什么感觉。而如果囊肿出现持续增大，会导致出现中脑导水管堵塞，这样可以引起脑积水，也就是出现梗阻性脑积水，从而引起颅内压增高的症状，可以表现为头疼以及呕吐和视物模糊。
松果体囊肿如果没有任何不舒服，可以不用处理。如果出现头疼、恶心、呕吐、视物模糊等颅高压症状、听力减退、步态不稳、协调能力差、尿崩症等症状，可以中药治疗，如果中药治疗效果不好，可以手术治疗，可以采取脑立体定向与激光纤维颅内松果体囊肿切除手术。