6公分巧囊先手术。
巧克力囊肿对于备孕会有一定的影响，巧克力囊肿大于5厘米，比如巧克力囊肿6cm最好行腹腔镜手术切除，切除后根据身体恢复情况再考虑备孕。因为巧克力囊肿发生之后，卵巢功能会受损，女性不是早衰就是不怀孕，这个疾病应该引起女性的重视。
建议及时去当地正规医院完善相关检查，行腹腔镜手术，注意休息，避免劳累，保持心情舒畅，吃清淡易消化饮食。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧克力囊肿一般的很少会导致不孕的，只要孕激素和卵巢的排卵功能正常就可以自然的怀孕的意见建议但是子宫内膜异位症容易对怀孕产生不好的影响，另外会导致痛经以及月经的量的异常。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。只要子宫内膜出现在子宫腔以外其他的部位都可以称之为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症的常见症状就是一个不孕的问题，子宫内膜异位症和不孕是一个非常对立的问题，就是说子宫内膜异位症很容易导致不孕。如果妊娠，本身对子宫内膜异位症又是一个非常好的治疗，它非常对立。
巧囊也就是说是巧克力囊肿，如果囊肿比较大的话，不进行治疗的话，基本上是不会怀孕。如果超过5厘米的情况，需要手术。囊肿会引起育龄妇女不孕，且原因是多方面的，囊肿生长过快过大可影响卵巢的血运和排卵直接导致不孕。
巧囊手术以后怀孕几率的大小，要根据手术的情况来决定。如果做完手术以后没有出现粘连的情况，并且双侧卵巢恢复的也很好，双侧输卵管也没有粘连、堵塞，怀孕的几率还是比较大的。