一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
通常情况下，停经40天看不到可能是检测过早。宫外孕导致的。具体情况分析如下：
在怀孕早期，孕囊可能还没有发育，但也有可能是因为宫外孕早期，并没有发现孕囊。建议女性在一周后到妇产科做盆腔超声，确定孕囊的发育，同时还可以去医院做HCG和血孕酮检查，看看有没有孕激素不足，如果孕激素下降，可以在医生的指导下口服黄体酮类的药物来改善。
停经45天B超没有发现孕囊一般有三种可能。一种可能是其实没有怀孕。如果患者怀疑自己怀孕了，可以做人绒毛膜促性腺激素的测定。第二种可能是怀孕的时间比较短。正常情况下怀孕35天能在B超上见到孕囊。如果怀孕的时间比较短，在停经45天时B超没有见到孕囊是正常的。第三种可能是宫外孕。一般是孕囊种植在子宫体腔以外，不容易被发现。如果是在通过抽血检查确定怀孕的情况下，可以一周以后再次复查超声。。
一般情况下，停经42天时，B超未见妊娠囊，通常可分为2种情况，具体分析如下：
1.月经周期相对较长，如果在35日前后1次月经来潮，这段时间内不能见到妊娠囊。
2.宫外孕时，宫外孕的胚胎是在腹腔内着床，因此B超不能见到宫内妊娠囊的存在。
建议患者及时进行检查，明确具体的原因，并对症治疗，以免给身体带来不良的影响。
停经43天，B超未见妊娠囊可能是月经周期比较长，假如35天左右一次月经，这个时间就不可能看见妊娠囊。另外也可能是宫外孕，宫外孕坐胎坐在了腹腔里，所以B超就不可能看见宫内有妊娠囊。
若月经规则，但停经39天未见孕囊需警惕是否胚胎发育不良、胚胎停止发育。需动态观察血hcg和B超结果明确诊断。若平时月经不规则，周期延长，推迟7天或以上，则停经时间和实际受孕时间不相符，停经40天但实际受孕时间不足40天，有可能做B超未见孕囊。可隔段时间再次复查B超了解胚胎发育情况。