肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘，大概两周到三周就能长上，低位肛瘘创口是比较浅的，大概三周左右，就能够完全好，而且饮食上也不需要禁食，不过具体的恢复时间也是因人而异的，手术后积极做好肛门护理，可以温水坐浴或者直接热敷，并多吃可以通便的食物，防止因大便不通畅影响到肛门恢复。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。
正常的肛瘘术后恢复时间需要10天—2周左右。那么两周左右以后就可以正常的上班和生活。但是如果术前肛瘘检查为高位复杂性肛瘘，或肛瘘的瘘管有多条分支，可能术后的恢复时间需要20天到1个月左右。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术跟肛周脓肿手术有点类似，术后恢复周期要根据感染的范围、大小、深浅而定。有些简单的肛瘘，比如皮下瘘、低位单纯性肛瘘，距离肛门不远，一般2周左右，能够好。有些相对较复杂的，比如括约肌间、括约肌上肛瘘，包括多间隙感染，甚至骨盆直肠间隙感染的肛瘘，治疗时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的治疗周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。
肛瘘术后出现渗液主要是由于创面比较大，导致伤口分泌物增加，也伴有肛管内流出的排泄物。术后渗出液具体多久干净跟术后创面的大小以及术后恢复情况有直接关系。大多数患者肛瘘术后渗出液大概在两周的时候会干净，这个时候新鲜的肉芽已经长出来，创面愈合相对比较良好。