由于胎儿大脑发育所需的甲状腺激素主要来自母亲，孕妇甲状腺功能减退会影响胎儿神经系统的正常发育，导致胎儿智力发育障碍和出生智力低下，尤其是妊娠期间对胎儿神经系统发育是有影响的。
妊娠期间甲状腺功能减退对胎儿的影响与甲状腺功能减退的程度有关，临床性甲减会对胎儿发育造成一定的影响，从而造成胎儿生长发育滞后，甚至有可能造成流产的危险。
亚临床甲减会不会引起妊娠期并发症，目前尚有争论，但如果怀孕初期出现甲减，特别是临床性甲减，会对胎儿的长期智力产生一定的影响，总之，妊娠期甲减对胎儿的影响，与孕妇甲减的情况有很大关系。
妊娠期临床甲减可增加妊娠不良结局发生的机会，并可对胎儿神经智力发育产生不利影响。
妊娠不良结局有早产，低体重儿，流产。妊娠期临床甲减流产风险将上升60%以上，妊娠期高血压风险上升30%以上，临床甲减孕妇死胎风险将上升。未处理临床甲减孕妇胎儿死亡、流产、循环系统畸形和低体重儿发生率可明显增加。临床甲减患者在妊娠期得到有效治疗后，可极大地减少以上情况发生。
临床甲减的孕妇在打算怀孕时需经过正规的左旋甲状腺激素替代治疗才能使甲状腺激素的含量恢复到正常水平。
妊娠期间甲减对孕妇的作用与甲减的严重程度有关，遗传的甲减会对胎儿的发育造成一定的不良反应，从而造成胎儿的生长发育滞后，甚至有可能造成流产的危险。
亚临床甲减是不是引起怀孕的原因，目前还没有定论，但在怀孕初期出现甲减，特别是临床性甲减，会对胎儿的长期智能产生一定的负面作用。总之，妊娠期间甲减对胎儿的影响，与怀孕期间的甲减有很大关系。
孕期甲状腺功能减退，对胎儿的生长发育、智力，皮肤等都有影响，增加流产率、早产率、胎儿死亡率，导致胎儿智力发育受损，增加胎儿出生缺陷，甚至出现呆小症。表现为智力发育异常、面部表情呆滞、鼻梁扁塌、四肢粗短。
孕妇甲状腺功能减退时，可使胎儿中枢神经系统发育障碍，造成智力下降、畸形或早产。因此，为了避免这些不良情况发生，应该加强对甲状腺疾病的重视程度，积极做好相关预防工作。备孕时怀孕时均需要甲状腺功能检查，有甲状腺功能减退者一旦发生，那就应该及时补充甲状腺激素了，使甲状腺功能处于正常的偏上状态，不与药物一味抵触，以免延误治疗，影响胎儿发育。