孕期尽量不接受核磁共振检查。如需明确诊断，亦可进行核磁共振检查，但在妊娠早期，即妊娠头3个月内，尽可能不进行核磁共振检查。
由于在怀孕早期，胎儿各脏器都处于发育成熟阶段，是致胎畸形敏感期，妊娠中晚期可进行核磁共振检查。如妊娠中晚期，胎儿侧脑室宽大，一般不超过1.0厘米，如果超过1.5厘米的话，彩超即可确诊为脑积水；
若侧脑室宽度为1.0~1.5厘米，则需核磁共振来明确胎儿畸形及去留。
在孕期除非有必要，一般不能做磁共振的，因为磁共振有一定的辐射性，做了之后是有可能会影响胎儿发育的，严重时会导致胎儿发育出现畸形。但如果胎儿发育存在问题，其他的检查又检查不出来，在权衡利弊之后，是可以在医生的安排下做磁共振的，主要是排除胎儿有发育畸形的可能，或者是看一下胎儿的发育情况。
核磁共振后可以立即怀孕。
目前并没有发现做核磁共振会对怀孕产生任何影响，所以在进行核磁共振后可以立即备孕。因为女性怀孕需要一段时间，并不是同房后立即就能怀孕，所以基本是不会受到核磁共振的影响的。女性如果有生育计划，最好提前半年进行备孕，补充身体怀孕所需的各种营养和维生素，比如叶酸。并养成良好的生活习惯，避免熬夜和劳累。
磁共振有较高的软组织分辨率，而且可以多方位成像，能够轻很好地显示胎儿的颅脑结构，是产前诊断胎儿头部疾病的重要手段之一。磁共振没有辐射，对胎儿和孕妇没有辐射损伤，不会造成胎儿畸形，所以检查是安全的不接触x光射线，没有辐射性的，所以对胎儿影响不是很大的，不用太担心，可以考虑保留胎儿的。平时多注意休息，后期做好常规性的产检措施，做好各项排畸检查。平时饮食要全面多样化，避免偏食和挑食。
核磁共振无论是对孕妇，还是对胎儿，都没有任何不良影响，所以在做了核磁共振后，根本不需要延长备孕时间，而是可以马上备孕怀孕。因为核磁不会影响卵子，或者精子的质量，更不会影响受精卵的生长发育。
做完核磁共振，如果不着急怀孕，可以等三个月。核磁共振对人体的辐射也是相当大的，女性在备孕期间，是不能够做核磁共振检查的，因为做完检查之后，体内会残留放射线，对怀孕也是有不利影响的，容易造成畸胎。